Фауна

От гръбначните животни се срещат 240 вида. Това включва 4 вида риби, 10 вида земноводни, 10 вида влечуги, 166 вида птици, 50 вида бозайници.

В Червения списък на Международния съюз за защита на природата са включени 2 вида земноводни и влечуги – жабата дървесница и шипоопоашатата костенурка.

Безгръбначни животни

Установени са около 2090 вида и подвида безгръбначни животни, между които са близо 300 редки вида, 214 ендемични вида, 175 реликтни вида, както и 15 животни включени в международни списъци на застрашените от изчезване видове. Фауната на Национален парк Пирин все още е в процес на изучаване, като се предполага, че при откриването на безгръбначни животни са открити едва половината от всички животни, които се срещат тук.

Национален парк Пирин е едно от най-важните места за развитие на таксономията в България. От ендемичните видове, които се срещат тук, локални ендемити са 39 вида. За тези видове важно е, че 100% от популацията им е ограничена на територията на планината. Това поставя тези видове в категория животни от световно значение. Българските ендемити са 67 вида, а балканските ендемити – 123. Огромен за тази територия е броят на реликтните видове – 27 преглациални реликта и 149 глациални реликта.

Гръбначни животни

Мъжка червенушка на брега на Безбожкото езеро

На територията на Национален парк Пирин са установени 6 вида риби, което представлява около 6% от всички сладководни видове риби, които могат да се видят в България. Особен интерес представляват видовете дъгова пъстърва и сивен, които не са характерни за Европа. Основно тези видове се срещат в Северна Америка, а на територията на националния парк са внесени по изкуствен път посредством зарибителен материал.

Не е сигурно това, че в парка се среща планински кефал, тъй като този вид е забелязван неведнъж, но информацията не е била потвърдена. Един от видовете, които преди години са обитавали водите на националния парк – обикновена змиорка, се счита за напълно изчезнал от територията на парка. Той е включен в Червената книга на България в категория изчезнали.

От класовете земноводни и влечуги в националния парк се срещат общо 19 вида, от които 8 вида са земноводни, а 11 – влечуги. Реликтните видове земноводни и влечуги, които се срещат тук, са планинската водна жаба, живородният гущер и усойницата. Македонският гущер е балкански ендемит.

Голям е броят на птиците, които могат да се видят на територията на парка – близо 160. Това е изключително голям брой, тъй като представлява около 40% от всички птичи видове, които се срещат в България. Срещат се реликтните видове пернатонога кукумявка, белогръб кълвач и трипръст кълвач. Голям е броят на Балканските ендемични птичи видове. От тях се срещат белогьрбият кълвач, балканската чучулига, алпийската завирушка, качулатият синигер, скалната зидарка и др. Близо 150 е броят на птици, които са сегмент от основната част от плана за управление на парка. Това се дължи на техния природозащитен статут.

От бозайниците са установени 45 вида сухоземни бозайници, което представлява близо 50% от всички сухоземни бозайници, които се срещат в страната. Освен това се срещат 12 вида прилепи, като всички прилепи са защитени от Закона за защита на природата. Особен интерес представлява снежната полевка, тъй като е глациален реликтен вид. Интерес представлява и дивата коза, която е балкански ендемит. В Червената книга на България са включени 5 вида бозайници. За видове, нуждаещи се от специални мерки за опазване, са обявени кафявата мечка и дивата коза.

Голям брой гръбначни животни са определени като животни, нуждаещи се от специални мерки за защита и опазване. Най-голям брой такива животни има сред птиците. Някои от тези птици са малък креслив орел, малък орел, скален орел, ловен сокол, сокол скитник, глухар, планински кеклик, горски бекас, гълъб хралупар, белогръб кълвач, трипръст кълвач и други. Причината за създаването на специални мерки за опазването на определени видове животни е това, че броят на техните популации в парка постепенно намалява. 31 вида птици от тези, които се срещат тук, са включени в Червената книга на България.