Пиринската флора се характеризира с висок процент на ендемични (местни) видове. Присъствието на ендемичния флорен комплекс на територията на Парка е съсредоточен главно в северната част, но някои от ендемичните видове, особено балкански имат широко разпространение из целия Парк. В НП „Пирин” се срещат 17 локални, 36 български и 110 балкански ендемита.
Локалните ендемити растат единствено в Пирин и никъде другаде по света!
Такива са Пирински мак (Papaver degenii ), Урумов и Кожухаров окситропис (Oxytropis urumovii, O. kozhucharovii), Йорданово зеле (Brassica jordanoffii), Пиринска песъчарка (Arenaria pirinica), Пиринска злолетица (Erigeron vichrensis), Давидов лопен (Verbascum davidoffii), Яворкова клопачка (Rhinanthus javorkae), Пиринска мащерка (Thymus perinicus).
По- интересни от българските ендемити са Фердинандова гъшарка, Урумов кривец, Българско вятърче, Костова тлъстига. Балканските ендемити са много на брой, като някои от тях са често срещани видове.Такива са например златистата кандилка, дребнолюспест карамфил, балкански зановец и редица други.
Много от растенията са редки и защитени. Общо 76 вида, срещащи се в НП „Пирин” са включени в Червената книга от 2011г. Общият брой на защитените от закона видове е 165.